王涌泉被日军俘获，王怀远得知后，派人营救涌泉，但却因为关押严密无法下手。薛参谋答应帮忙找出王涌泉关押的地点。
因为队伍里药品稀少，王怀远借用《火器医鉴》上的针灸术，治好了侯七在内大部分的伤员。俘虏来的日军里也有同样病症的伤员，王怀远也将其治好。王怀远派人故意放了一个用《火器医鉴》上方子医好的日本俘虏。满天红跟丁五在金水城找到他们早年在皇协军安插的卧底薛参谋，佐藤出条件用《火器医鉴》作为交换王涌泉，王怀远只好答应三天之后交换人质。薛参谋给佐藤带回了一个《火器医鉴》上的方子让佐藤一试真假，佐藤俊二看到受伤的日军士兵回来后伤愈，非常震惊，薛参谋带回的药方也见效，才放心交换出王涌泉，然后让日本军医按照药方给日军伤员治疗。佐藤明着与王怀远换书，暗地派人埋伏，宋文清也带着人埋伏，在半路涌泉就被宋文清劫走。谁知王怀远只给日军治了一半的伤，非但不会痊愈，反而会造成慢性中毒，使得日军伤员大量死亡，佐藤俊二气极。
拷打过薛参谋之后，薛参谋供出他跟丁五和满天红早有联系的事，刁四带人逮捕丁五和满天红，佐藤俊二让红家班继续演出，然后将丁五和满天红在内的红家班的人全部杀死在舞台上。
日本战败，日军投降，佐藤俊二却剖腹自杀，死在《火器医鉴》面前。
神医名将第31集剧情介绍田德贵跟刁四逃离日军，归附宋文清。宋文清安插涌泉在田大棒子部队里，观察他的动向。宋文清知道《火器医鉴》是王家祖传古书，将书归还给了王涌泉，涌泉非常感动。
日军投降后不久，金水城就出现了严重的鼠疫。连大部分救护人员也都感染，包括银杏，侯七心急。然而军队却奇缺药品，尤其是磺胺。特务营护送一批药品经过，王怀远带人去找特务营索要磺胺，特务营负责任赵大刚坚决不给，王怀远无奈只好动用武力和阴谋，迷晕赵大刚的特务营，将其制服，然后把药运回去，救治了伤员。
田德贵跟刁四得知八路军正受鼠疫困扰后，认为这是消灭王怀远的好机会，刁四带人进攻金水城，王怀远将计就计，假意抛弃患病的士兵，迷惑刁四，刁四攻进城内，王怀远侯七和大片刀里应外合，堵住刁四，将其处死。
刁四死后，田德贵和宋文清发起进攻，攻进金水城，谷子在战斗中英勇牺牲。
