周新收到消息，又有一家姓裘的全家被杀，周新带人赶往，现场惨不忍睹，询问之后才知道男主人是裘贵，他和裘福是堂兄弟关系，裘家没死绝，下人阿鱼侥幸逃生，周新知道后马上前去询问，他想知道阿鱼看到的一切，阿鱼把看到情况告诉周新，为首的人逼问裘贵家里的金银财宝，那些人说的都是汉话，裘贵被打后说出家中地窖。
鲁玮带士兵在街上巡逻，马车上箱子里都是倭寇的头颅，还大声宣传让老百姓们放心。周新带人强行去见鲁玮，鲁玮闭门不见，李顺和张万出手对付看守，周新顺利入府，鲁玮出门指责周新，周新解释原由，他指出鲁玮谎报军情，鲁玮请周新入内。
鲁玮根本没想仔细调查，周新分析案情，请功时证词很关键，鲁玮担到蒋昭，周新想见时被拒绝，再三要求之下蒋昭被叫入室内，蒋昭对周新十分无礼，他说明那天剿灭倭寇的情形，周新提出查看截获脏物，他在院里见到那些金银财宝。周新派人挖掘死者尸体，那足以证明受过严刑拷打，死者手腕有伤，周新确认被杀的都是囚犯。
周新回去后病倒，李顺和张万十分着急。裘贵的女儿从外乡听到家中变故，她到娘家要进门时被官军拦截，小扣子和张万看到后把她带回去。周新晕迷之中喊叫思琪的名字，小扣子和素云留在客栈，听到卖包子的声音后小扣子跑过去买包子，等他回来后素云不见了，张万和李顺出门寻找，问了店家后才知道素云被官兵押上马车后带走。
张万和李顺曾留意那辆马车，马车上有蒋昭的徽标，他们去军营试探后发现不是鲁家军所为。思琪骑马来到客栈，得知周新生病后十分紧张，思琪冲入房中看到周新躺在床上，她试图叫醒周新，周新突然醒来，他用手抓住思琪，郎中说他是心情郁闷才晕倒，周新想回杭州了。
大明按察使后传第31集剧情介绍周新把案件实情告诉思琪，那张大网深不可测，思琪劝说周新，周新恢复斗志，他在林中发现素云的尸体，张万和李顺的观点一致。周新准备把墨水镇之案上报朝廷，他怀疑蒋昭是最大的内鬼，真正的主谋另有其人，周新判断鲁玮和蒋昭都没那样的智慧，他打算先捉拿蒋昭。周新深夜被人请走，没想到所见之人是岳父梁大人。
周新说明鲁玮冒功之事，他提出辞官，梁大人一再劝说，他答应帮忙。一辆马车翻入沟中，周新安排李顺和张万去告知官兵，蒋昭闻讯带人赶往。蒋昭看到那些金银财宝后命人拉走，周新带人暗中观察，躲在马车里的阿鱼指认那夜的倭贼首领就是蒋昭，周新走上前质问蒋昭，蒋昭被抓，鲁玮看到后带兵阻拦，梁大人宣读圣旨他才罢手。
蒋昭被关押，他在牢房中不时大骂，周新多亏了岳父的帮忙，张万提醒士兵惩治一下牢房中的蒋昭，蒋昭在牢房中被痛打一顿，之后被捆绑起来。素云逃走途中被思琪所救，入夜后投宿农家，黑衣人一路跟踪。素云在屋里向思琪说明冤屈，她愿意相信她。鲁玮手下副将洪天寿带人去探视蒋昭，在牢房门口受阻。
洪天寿送来的饭菜被检查，他身上也被搜过，并无发现异常情况。素云对思琪讲起她走出旅店之后发生的事情，马车跑了很久，她被带到一个宅院，对方也是奉命行事，素云跪地求饶，杀手用她的衣服找了替身，周新等人看到尸体就是杀手扔入坑中的，素云之后被杀手蒙上眼睛带走，等揭下眼罩后看到坑中女尸。
素云怀疑杀手和倭寇有关，杀手没有说的太清楚，他想知道裘家宝物，素云知道家中财宝都藏在家中地窖，她提到小时候父亲小时候曾带自己去过石洞，那是她编出来的权宜之计。素云不想回墨水镇，她劝思琪先回去，思琪也担心她的安危。蒋昭在牢房中大口吃起来，洪天寿安慰他，蒋昭对周新十分痛恨。洪天寿走后蒋昭口吐白沫，李顺和张万急忙进入牢房查看。
