NSS要员金贤俊死亡后，因参与IRIS的间谍活动而被捕的前NSS局长白山被监禁在孤立的岛屿上。由张赫所饰演的郑有健原是一名警察，因参与一项剿匪活动立功，被NSS相中，继而成为NSS要员。在训练了一年后，有健成为了训练教官，负责训练池秀妍(李多海饰)、徐贤宇(尹斗俊饰)等其他要员。另一边厢，柳中元(李凡秀饰)原是北韩特务，如今生活于柬埔寨。金妍华(林秀香饰)是IRIS要员，力邀柳中元帮她，一起合作完成一个任务。柳中元起初不为所动，最后勉强答应了。NSS，郑有健如今的职务为TF-A队长。NSS新来的副局长崔敏(吴妍秀饰)，外表精明能干。IRIS要员RAY与其手下霸占了一架NSS的直升机，降落在囚困白山的荒岛上，并成功的把白山了出来。但是白山却在半空中选择跳海离开IRIS。NSS接到通知指白山被劫走了后，立即派TF-A队到该荒岛去救援。白山跳海离开直升机后上了岸，劫持秀妍威胁有健不得伤害他的人身安全。有健当机立断让狙击手贤宇除掉白山，但是却打中了秀妍的肩膀。NSS最终把白山抓回了NSS总部，并拷问他。NSS决定由TF-A队把白山移去郊区的基地KC。白山要求NSS每天都提供报纸。由RAY带领的IRIS要员包括了妍华闯进了基地KC。朴室长和有健护送白山的离去。最后，因为朴室长的牺牲而得以保全有健和白山的性命。
IRIS 2分集剧情介绍第2集秀妍在医院疗伤，崔敏去探望她，让她好好休息。有健劝秀妍退出NSS，秀妍认为自己负荷得来。秀妍归队NSS。崔敏和郑有健开始对NSS内部存有奸细产生怀疑。秀妍开导因失误打中秀妍而内疚不已的贤宇，最终贤宇得以原谅自己。白山要求见有健。因有健拼死救了白山的性命，白山决定透露IRIS的情报当作报答有健的救命之恩。即将在匈牙利举行的南北韩高层会谈将会发生大事，即IRIS将发动攻击，但不知目标是南韩、北韩，或两者皆是，让有健留意。匈牙利，几乎全NSS倾巢而出，为了保护南韩代表团。另一方面，妍华和中元也都抵达匈牙利。贤宇在街道上闲逛时发现了RAY的踪影，于是贤宇跟踪他。
IRIS 2分集剧情介绍第3集贤宇、有健和秀妍趁空档到镇上咖啡店喝咖啡。贤宇先行离去，无意间发现RAY的踪影，便跟踪他，最后却意外跟丢了。有健和秀妍则到处溜达。晚上回到酒店时，贤宇向有健表达了自己看到RAY的担忧。南北韩正式会谈终于开始了。另一方面，南北韩共同举办了晚宴，崔敏盛装打扮。金妍华除掉了服务员MEI，并以MEI的身份混入晚宴会场。妍华在会场上故意泼了些酒在北韩代表权衡泰身上，并以此为借口，帮权衡泰清洗衬衫后，亲自送到他的房间。贤宇骇进酒店服务员名单，发现名单上的MEI和在会场上的MEI不是同一人。权衡泰的警卫官朴哲荣接到消息指MEI在权衡泰房间里时，认为不妥，并赶到权衡泰的房间。然而当他抵达时，权衡泰已被妍华掐死了。朴哲荣下令无条件得抓到妍华。权衡泰房间里发生的枪战惊动了NSS，有健追捕妍华。妍华逃脱后，驾车离开酒店，却被当地警察追捕，好不容易摆脱那些警察后，却又被另一些警察缠上，最终被警察包围到一条桥上。妍华看似要投降，其实是在等待柳中元的救援。柳中元驾驶一条船，刚好接到从桥上一跃而下的妍华，两人成功逃脱。两人上岸后躲到一栋建筑物内，在后紧追不舍的有健和秀妍也追到此地。一番恶斗后，秀妍抓到了妍华。有健把妍华交给朴哲荣让他处理。中元试图营救妍华不果。有健突然想起白山的话"目标可能是南韩、北韩、或两者皆是"，意识到南韩代表赵明浩可能也身处险境，立即赶回去保护赵明浩。不料，IRIS果真对赵明浩发动攻击。混乱中，秀妍与赵明浩均中弹。秀妍不死心，拿起身边的长枪对敌人开枪，打中了敌人的眼睛。
