秦始皇究竟死于何因?史学界一直有截然不同的说法，一种观点认为他死于先天性疾病，属正常死亡;另一种说法认为他死于非命，也就是说他被人谋害，属非正常死亡。
持秦王嬴政死于疾病一说的，以《史记》等史料为据，认为秦始皇少年时代得过结核性脑膜炎，并有先天性癫痫症之疾傍身，这两种顽疾几乎伴随他终身，还时不时经常发作，令他痛苦异常。
公元前218年(秦始皇29年)，始皇嬴政第三次东巡时，在武阳博浪沙(今河南原阳)遇刺，身后一辆副车被刺客用大铁锥击得粉碎，坐在副车中的几个随从被砸得肝脑涂地、一命呜呼。
据说此事事涉原韩国贵族遗少、后西汉初年开国名臣张良，正是他招募力士于博浪沙冒死刺秦，只可惜功亏一篑，未曾得手。
惊魂未定的秦始皇回咸阳后又继续了他的第四次东巡行程。不久有人又发现一块刻有“始皇帝死而地分”的来历不明的神秘陨石，在路旁还遇见一位预言“今年祖龙死”的“大师”，时人认为他是个能预知过去未来的“仙人”，一时传得沸沸扬扬。
始皇一贯迷信，闻听传言后心下十分忐忑，这些明显有人为操作痕迹的“不祥神迹”，让他惊恐不安，夜不成寐。
为消灾避难，同时去寻找传说中长生不老的仙药，秦始皇听从一位非常有名的筮者(占卜人)的建议，开始了第五次也是他人生的最后一次巡游。这次出巡不仅没有实现他的预期，反而使他因过于疲劳和紧张而诱发了癫痫病。
史料记载嬴政端坐于龙车内颠簸赶路，癫痫症突然发作，倒下时他的头重重地撞在安装在车内用来消暑的青铜冰鉴上，顿时血流如注，不省人事。
秦始皇脑部遭重撞，导致他自幼即有的结核性脑炎复发，随行御医全力抢救，但终因人在旅途，条件有限，这位横扫六和、统一天下的一代霸主，最终命丧沙丘(今河北邢台广宗县)。
史载秦始皇35年(公元前221年)后，那秦皇嬴政深居宫中，几乎不直接上朝接见诸臣。但每天都有多如牛毛的国家大事等着他处理，还要裁决臣民奏议，这些都是他无法回避和推脱的职责，于是他选择宦者赵高作自己的“传声筒”。
宦官赵高是秦始皇的“全权传诏代言人”，也是秦皇意志的具体实施者。史书记载赵高为人阴鸷狠毒，诡诈多谋，表面上对秦皇唯恭唯谨，一副老实得力的憨样，其实心里的小算盘拨弄的比谁都精。
一生经历过无数飓风恶浪的秦始皇不是傻瓜，赵高拉大旗作虎皮，他早有耳闻，更深谙其道。只是他认为一个“去势”的阉人容易控制，也掀不起多大风浪，再说，一个宦官假若野心毕现欲图谋不轨也易除掉。
于是，他对赵高十分信任，几乎任他肆意胡为，对他言听计从，那赵高渐渐坐大，一时权倾朝野，无人敢惹。
赵高身为秦皇的唯一代言人，难免会干些欺上瞒下、作奸犯科的尴尬事儿。史料说他错判、诬陷、滥刑、索贿之事没少干，早已是千夫所指的对象。
秦皇在世时，大树底下好乘凉，人们敢怒不敢言，却也奈何他不得。秦皇一死，压抑已久的沉默的火山必会爆发，众人定会找他报仇雪恨。
以赵高之聪明，不难料到这种后果，他必然想有个如秦皇般信任、庇护自己的皇帝当接班人。秦始皇心目中的最佳继位者是扶苏，这早已是尽人皆知的事儿，而扶苏极度厌恶太监赵高早已不是秘密。
秦皇长子扶苏聪慧颖悟，有勇有谋，是当接班人的不二人选。他因反对“焚书坑儒“而惹怒开罪秦皇被遣发到上郡(今陕西榆林南)，被罚到由名将蒙恬统领的戍边部队作监军去了。
秦始皇虽然性情残暴且刚愎自用，但能干出如此惊天大事的人绝不会是个糊涂蛋，知子莫若父，重要的抉择他十分清醒，也十分理智。
秦皇有二十多个子女，长子扶苏虽不十分顺从他，经常和他意见相左，但此子聪查决断，刚柔并济，而且大仁大义，又饱经锤炼，是大秦帝国和自己身后接班人的首选。
其他几个儿子才具平平，难当大任，小儿子胡亥虽然是自己最为钟爱的心肝宝贝，但此子自幼昏聩无能，且整日里声色犬马，秽名远闻。他想过花天酒地的生活只能随他，但不能给他任何机会，否则后果不堪设想。秦始皇权衡再三，心中早已认定那有些桀骜不驯的长子扶苏堪当大任，是难得的社稷之才。
狡狯的赵高知道，假如扶苏即位，自己绝没有好果子吃。如果将那个和自己私下里来往密切、无话不说、相交甚厚、易于摆弄的“萌儿”胡亥扶上宝座，应是最理想的结果，自己的人生等于多上了一道保险，何愁富贵不保?
于是赵高一有机会就在始皇帝面前夸赞胡亥，没少说胡亥的好话。始皇深知胡亥朽木难雕，但喜他从小乖巧听话，经赵高一番美言，胡亥的行市好比烈火烹油，锦上添花，“祖龙”舔犊惜幼之情油然而生，几次东巡，诸子中唯独胡亥被允许陪伴从行。
秦始皇第五次出巡途中脑部遭重撞引发宿疾，有些史料认为他不几日后就病重而亡。现代医学认为，癫痫和结核性脑炎虽难以彻底治愈，但都不是致命的恶疾。因此，秦始皇虽然病重但绝不至于在几天之内就会毙命，只要御医施救方法得当，这种病维持十几天应该是没啥问题的，这段时间也足以返回帝都咸阳。
在返回咸阳的途中，秦始皇的神志仍很清楚，为保万一，也为大秦王朝的稳定，他亲笔在木简上写下遗诏，大体内容是传位与太子扶苏，封好木简后命赵高派人以五百里加急速度送往远在西北边关戍边的扶苏手上。
赵高思前想后，却并未遵令而行，他找到伴驾随行的丞相李斯，对“焚书坑儒”的主谋李斯晓以利害，李斯也担心扶苏继位后会清算自己，遂一拍即合。
二人密谋私改遗诏，将帝位传与胡亥。二人商量了半天，放胆私下篡改遗诏，将内容改为“赐死扶苏、蒙恬，传位与胡亥”，然后将木渎依原样重新封好。
秦始皇虽然病重，整日卧在车里昏昏沉沉，但“病虎”余威犹在，他的存在对心虚的人来说犹如芒刺在背，赵李二人害怕他醒转过来追问此事，所以犹豫再三，迟迟不敢派人将改过的遗诏送出去。
第二天一早，二人赶往御车内去探虚实时，却惊见“祖龙”身子僵硬，双眼圆睁，右耳流着黑色的污血，显然已经死去多时。二人面面相觑，目瞪口呆，显然并不知情。
以郭沫若为代表的部分学者认为，是胡亥担心夜长梦多，又担心赵高、李斯畏惧始皇淫威内心发生动摇，遂一不做二不休，对其父痛下杀手。
胡亥这个自幼一直倍受始皇溺爱的“乖孩子”很可能用一根长三寸的尖锐铁钉贯穿他爹脑颅，致其顷刻间丧命。这事是胡亥一人所为，赵李二人事先并不知情。当然，这只是现代学者的一种推断，不能作为史实来定论。
还有一种由来已久的说法是赵高用备好的毒药将始皇鸩杀，也有铁钉刺毙一事乃赵高、李斯二人亲手所为，而不是由胡亥动的手。这种说法古已有之，一直存有争议，也未达成史家共识。
秦始皇猝死后，赵高这厮果然飞扬跋扈，颐指气使，视胡亥如傀儡，将他肆意玩弄于股掌之间，一人发号施令，为所欲为。
在返回咸阳的漫漫旅途中，赵高下令封闭尸车，严密封锁始皇帝死讯，一如始皇在时，随行百官每日照常奏事请安，赵高站在车前似模似样的执答。因赵高一直是始皇的代言人，众人被蒙在鼓里，竟无人起疑，只有赵高、李斯、胡亥和少数几位近侍知情。
车仗人马一路逶迤如常态返归咸阳，不料赤日炎炎，天气暑热，尸体腐烂发出臭味，为免惹人猜疑，赵高命人将一堆已有异味的鲍鱼放在尸车上，以混其味，始皇帝已死的塌天大事竟然被他蒙混过关，搪塞了过去。9月抵达咸阳下葬时，不用猜也知道尸体早已腐烂，衰朽莫辩了。
持这两种观点的人，几乎打了两千多年的嘴仗，谁也拿不出令人信服的证据驳倒对方，至今尚无定论。
之后赵高串通胡亥、李斯冤杀公子扶苏与勇将蒙恬，赵高“指鹿为马”，独霸朝堂，胡亥纸醉金迷，不理朝政，惹得天下扰动，四面烟尘，八方告急，大秦历二世而亡诸事，则如大家自幼耳熟能详的故事中所公认的那样，在此就不一一赘述了。
秦国如此强大，其兼容并蓄、海纳百川的人才观，其攻城拔寨的绝世武功出类拔萃，灭六国时一路摧枯拉朽，几乎罕逢对手，但秦始皇殁后不数年即遭灭顶之灾，原因被贾谊一语中的，贾谊在《过秦论》中说：秦“仁义不施而攻守之势异也”，所以秦被六国余孽称为“暴秦”，于是大家蜂拥而起，皆欲亡之而后快。
秦王朝不施仁义而行暴政，虽然也会导致覆灭，然而会是一个缓慢的过程，绝不会如此神速。在史料中搜寻秦亡的主因，会发现在加速不可一世的秦王朝迅速走向灭亡的过程中有一个起推手作用的关键人物，那就是赵高。
亡秦者，表面看是项羽刘邦等人所为，实则是赵高、李斯、胡亥也。而养虎为患，使这些人尾大不掉的，正是秦始皇本人，实际上大秦王朝的堡垒是被自己人攻破的，秦实乃自取灭亡。
一代霸主秦始皇的死因之谜，似乎不像别的历史谜团那般难解，学界一直对解开谜底充满信心，因为据当年中日联合考察得出的事实显示，巍峨的秦始皇陵虽历经劫难，但也只是地表建筑被项羽焚毁，陵墓内部并未遭到破坏性盗掘，基本还完整如初。
《史记》记载墓中灌有大量水银，用以模仿山川地理、江河湖海的形制，现代科学证实水银蒸发后形成的气体有冷凝防腐的奇效。
假若有朝一日，骊山秦始皇陵发掘之时，迷惑人们长达两千余年的“祖龙”死因之谜不就迎刃而解了吗，或许还能亲眼目睹这位扫灭六国、统一天下但“略输文采”的一代雄主入殓时的尊容呢!
