在海州政府的配合下，“山神”终于夺得研制抗癌药“阿核素”的国家级重点工程。于一江不负众望，为海州挑起了一面“国”字号的领军之旗!但此时，海州地区的民营企业已占多数，又成为各方争论的焦点。撤消海州行署的说法再次露头。 景书记告诉九叔公、毛蚶等人，一个新的调研组又要来了，万一她走了，希望海州改革的实践与理论的探索均不要止步。女书记一声号令，以新“山神”为龙头的企业大批迁入特区……
海门如愿建市。 九叔公游说景书记，将毛蚶送进党校学习。没多久，一场声势浩大的“整顿经济”的风潮掀起。曾多次参与海州经济改革政策研究的毛蚶，再次提前被九叔公送入了避风港。老八姑留下台台，领着8位“仙姑”飞回台湾。 大雨之夜，夏一江遣散了所有工人;时一江把价值5000万的资产无偿捐献给政府，自己与枇杷一起，去广州上大学;双妹闭门锁户地坚守着她的神秘事业;唯独于一江的“山神”，仍在紧锣密鼓地攻关“阿核素”。
九叔公尚处在暴风雨的风眼，忙里偷闲，东奔西走，为老大不小的三个“一江”、两个姐妹和台台牵线、搭桥。夏一江再次申请入党，面对文件明文规定：私营企业主不能加入。九叔公鼓励夏一江“在太叔公理解的党章里，你是合格的”。
海之门第20集剧情介绍女书记也要调离海州。临行前，她只身一人走到海门，找阿奴谈话，建议阿奴在保证赡养痴哑丈夫的前提下，与其离婚，然后由她主婚，结束阿奴与九叔公大半辈子的苦恋。女书记的美意虽然未能如愿，但九叔公与阿奴遥遥站在山岗，含泪目送着他们这一生当中所遇到的，最好的大姐……
已是地委副书记的于周，眼睛盯着九叔公。九叔公即将成为运动的重点??他的行署副专员没有当上，政研室主任的官衔前面却多了一个“副”字。令人不解的是，新上任的，胖胖的，笑眯眯的丁书记，会后便进了九叔公的古屋，他声称久闻海州名胜无数，特邀九叔公当向导，陪他挨个走上一遍。
书记出门不久，刚从党校毕业，当了海州副专员的毛蚶痛切质问九叔公：何以一有风吹草动便把他东掖西藏，而将该由他吃的子弹，全由九叔公挡在自己一人身上?!这种置他人于不义的行为，难道不也是一种“自私”吗?!
海之门第21集剧情介绍九叔公被戳伤了心，他流泪道出了自己与阿奴是如何为了毛蚶，而牺牲了两个人一生幸福的凄怆往事。 于周副书记无可奈何地看着，他的主要“靶子”九叔公，被胖书记拴着，到处考察“ 旅游”开发。
九叔公终于明白：他也被人在不动声色地保护着!于周批判的目标，转向了已与自己没有关系的儿子：于一江的那个女工“特务”，超额完成任务，把药研所的一位工程师变成未婚夫，带回 “山神”，共同参与“阿核素”攻关。
于一江与这位工程师因涉嫌窃取了药研所的国家科研机密，被告进了法院……。 毛蚶通过双妹让在北京就读法律博士的双姐出马，于一江在法庭上因证据不足被当庭释放。然而回到厂里等待他的却是于周率领的工作组……
