内部矛盾，岳诚醉酒吐露实情
费尽心机，朱庆华手表被掉包
尽管项目组成功排除了险情，但总工程师朱庆华还是受到了郑院长的严肃批评，并被处以罚款。朱庆华心里窝火，对岳诚记恨在心，在随后刘一鸣举行的同学聚会上，他和岳诚再次发生口角。岳诚借着酒醉嘲弄朱庆华不学无术，徒有虚名，并无意中透露了水下装置的自毁程序已经解除的消息。
在暗中监听的王维韬连忙将此消息转告彼得森，彼得森一方面责令王维韬要随时掌握研究院“水母”的研究进度，另一方面迅速调整部署，决定派经验丰富的蓝蛇进入大陆，协助王维韬见机行事，务必摧毁“水母”的核心装置。
根据彼得森的指令，王维韬费尽心思，最终将目光瞄准了研究院的朱庆华。他通过刘一鸣的介绍，置办酒席专门宴请朱庆华，并在酒席上施展手段让朱庆华难看，而宋立则假扮成服务生在洗手间等候着朱庆华，并趁他洗漱之际，将他佩戴的手表悄悄调换了一块。原来，朱庆华戴上的是一块经过特殊处理的手表，虽然看去与自己的那块一模一样，但里面却有一个微型窃听装置。毫不知情的朱庆华，将手表带进了研究院，这让项目组的一举一动都在宋立的监视之下。
此时的岳诚小组已成功打开水下装置，发现它的内部结构非常复杂，想完全破解难度很大，而且工期会很长。郑伯雄则鼓励岳诚，希望他全力以赴，拿出攻关不怕难的勇气，攻破这个神秘的水下装置。岳诚心里没底，朱庆华却夸下海口，保证完成任务。
谍战深海分集剧情介绍 第十五集更换门禁，宋立趁机盗取安防系统
发现破绽，行动组扑空蓝蛇救宋立
听说项目组打开了那个水下装置，武梅和庞剑赶到研究院来了解情况，不料朱庆华却来了个一问三不知，只说还需要进一步研究，并告知这几天实验大楼已经加强了安保，正在更换门禁系统。
这话却让正在监听的宋立听见，他打起了主意。此时，蓝蛇在走私团伙小头目贾伟的接应下悄悄偷渡入境，但宋立对这个新来的陌生人却有一种不服气的抵触心理。
武梅为了安全起见派庞剑连夜赶到安保公司做安全检查。与此同时，宋立也化装成送水工人混入了安保公司，他利用换水的机会，将一颗纽扣式的监控器插入安保公司的系统电缆，正在他打算悄然离开之际，埋头检查的庞剑意外发现了宋立那熟悉的身影，他预感到事情不妙，立刻呼叫专案组。专案组紧急出动，查找那辆送水面包车。
宋立躲进一个咖啡厅若无其事地悄悄下载安保公司系统的数据。庞剑在安保公司内发现了玄机，并立刻将下载地址锁定，武梅决定不要打断他的下载，随即带人追踪而去。
就在专案组即将冲进咖啡厅之前，蓝蛇及时出现并救走了宋立。蓝蛇对宋立的擅自行动大为不满，宋立却并不以为然，对蓝蛇的提醒不屑一顾。
专案组不但没抓住人，还让对方完整地下载了新的安防系统，孙克勤对此很不满意。间谍适时的出现在了安保公司，这让武梅不得不重新审视深海研究院。她判断研究院内部可能还有内奸。武梅决定先从研究院内部开始排查，并加强了进出的安保检查。
谍战深海分集剧情介绍 第十六集将计就计，武梅转移水下装置
守株待兔，宋立毙命武梅面前
此时，岳诚经过努力，终于解开了水下装置的存储器，并在里面发现了大量的我国海洋环境信息。省国安厅李厅长闻讯赶到海昌参加现场研讨会。原来这个水下装置是一种非常先进的水下探测器。
就在这次现场会上，庞剑利用技侦手段发现朱庆华的手表带有微型窃听器。武梅决定先不忙着点破，而是将计就计。不久，上级决定将水下装置转移到813所。郑伯雄将转移决定在项目组做了宣布，立刻引起了朱庆华和岳诚的不满。
研究院里的变动，早已被宋立监听到，王维韬得知“水母”即将转移，决定提前动手。宋立为了迷惑专案组，事先给吴莹打了个电话，约定明晚在长途汽车站见面，想借此吸引专案组的注意。但武梅根据电话监听，很快做出判断，她决定兵分两路，孙克勤带一路监控吴莹，自己带一路在研究院守候。
夜晚，蓝蛇和宋立化妆成电力维修工人，借口抢修电路混进了研究院。就在宋立进入实验室，准备窃取芯片之时，突然传来警报声，宋立回头一看，武梅已经出现在他的面前。
原来“水母”转移正是武梅设计的请君入瓮之策。武梅在研究院设下埋伏，宋立自投罗网，当场现形。守候在外的蓝蛇从宋立随身携带的监听器里得知宋立中计，立刻启动了宋立身上的一个遥控装置，随后悄然逃匿。就在宋立束手就擒之时，他身上的遥控装置暗中发作，使他突然中毒倒地身亡，临死前吐出了“蓝蛇”和“水母”的名字。
