地下党员苏芸撞开了吴启梅的房门，哭诉着党组织被破坏的情形，吴启梅要求她立即转移，然而，当她准备离开家时，苏从恩却突然出现在面前。这是他秘令胡思良“谁敢动我女儿，格杀勿论”后，赶回家中为女儿送行的。
苏从恩面对苏芸母亲的遗像泪流满面，他在忏悔，堂堂一位为党国立下赫赫战绩的功臣，如今却无法保护自己的女儿，他的内心充满了悲伤。
“特别拯救计划”副组长黄森、舒立凡此时却秘密实施着将学人迁往台湾的行动，吴明泰断然拒绝前往南京担任“考试院长”职务、柳剑白更是刀架在脖子上也不离开北平半步、而尚文井却把舒立凡奉送的金条拿给了学校，以解决京华缺粮危机，如意算盘被打破，黄森万分焦急，一筹莫展。
猛然，丁青山报告，京华大学擅自挪用“应变经费”救济校方生存困难，黄森决定杀一儆百，竟下令抓捕了柳剑白。消息传来，吴明泰震惊，顿时，苏从恩的办公室传来吴明泰怒斥的吼声，“如此行径何谈教育兴国，如今，腐败的国民政府人心何在、民意何在。”
北平地下党关怀着学人的安危，黄亦萍召开秘密会议部署挽留学人方案，突然，枪声响起，丁青山的部队包围了会场，齐远掩护党组织献出生命，吴启梅等人还未撤离，危急时刻，一个女人驾车飞驰而来，她正是黄腊梅。
北平的一处宅院，著名物理学家华东方在舒立凡的威逼下含恨而死，吴明泰悲痛万分，为了其它学人的安危，他毅然决定，接受国民政府的条件，只身前往南京。
大抉择第40集剧情介绍北平郊外靶场传来阵阵枪声，只见腊梅枪枪击中靶心，然而，黄森却带着猜疑的目光向她提出疑问，腊梅已不再容忍，她为有这样的父亲感到羞愧，怒斥黄森之后含泪离去。谁料，当调查材料证实腊梅与共党绝无关系时，黄森却怒喊着“我女儿为党国可堪当重任”，下达了黄腊梅立即前往南京暗中监视吴明泰的命令。
吴家，吴文举老泪纵横，明白儿子为了学人选择的是一条不归路，柳剑白阻止吴明泰去南京，而苏从恩却怀着别样的心情前来送行。
南京，舒立娟终于见到丈夫，夫妻满含热泪诉说着思念之情，谁料，舒立娟要求即将做父亲的丈夫共赴台湾，吴明泰震惊地望着妻子，而舒立娟却哭诉着，自己的孩子决不能没有父亲，终于吴明泰向她敞开了心扉。
黄腊梅奉命前来换防，而机警的她却闪进了舒立娟的客厅，开始了她所需要的行动。
委员长对学人南迁台湾极为不满，限苏从恩三天必须完成此任，焦虑不堪的苏从恩刚刚回到北平，女儿苏芸却突然出现在眼前，苏芸希望父亲在这关键时刻迷途知返，苏从恩深知女儿的归来是为了学人的安危，她凝望着女儿，低下了自己的头。
北平的夜晚充满恐惧，尚文井宅，被舒立凡骗回北平的余冬蔓正接受丈夫与女儿的指责，猛然，大门被撞开，丁青山率宪兵扑来，国学大师竟被抓捕，而他却早已把最珍贵的藏书交由女儿藏了下来。
大抉择第41集剧情(大结局)吴明泰仍被软禁着，黄腊梅向舒立娟走来，她告诫舒立娟如果继续执迷不悟必然失去吴明泰。而在北平的吴家，当吴文举接到吴明泰的电话时，竟呼喊着快去找腊梅。
动情的泪水伴随着吴文举，监听电话的腊梅猛然惊呆了，吴明泰竟然是自己的哥哥，当她在化妆盒里寻找出母亲的嘱托时，泪水盈满脸颊。
北平监狱，传来尚文井夫妇痛骂舒立凡的吼声，尚文井感慨地拿起电话告诉吴明泰，今生今世不能相见，来生还做京华的学人、做他的兄长!吴明泰含着泪水把愤愤的目光投向舒立凡，而舒立娟即在残酷的事实面前开始动摇了。
北平，所有学人被召集在会堂，黄森亲临现场，这是他实施强行胁迫学人南迁的行动。
危急时刻来到了，苏从恩终于下了最后的决心，南苑机场，卫兵林立，极度疯狂的黄森却被苏从恩的卫队押上飞往南京的最后一班飞机。
南京，舒立凡逼迫吴明泰作出最后抉择，他怒吼着拔出手枪对准了吴明泰，然而，吴明泰却怒斥他的汉奸行为，果然，舒立凡承认了所做的一切，在怒喊声中扣动了扳机，枪声响了，倒在地上的却是舒立凡，舒立娟用自己的枪结束了他的性命。
舒立娟的卫士拼命射击，掩护着他们冲上汽车，而车后却是追杀的士兵，前方，第一道防线挡住了去路，所有士兵的枪对准了吴明泰，危急关头，枪声响起，黄腊梅猛然射击，击毙了阻拦的士兵，她站在吴明泰面前，淌着泪水呼唤着哥哥，突然，一支手枪对准了吴明泰，腊梅扑上去挡住射来的子弹，自己却倒在血泊中。
最后一道防线未能阻挡北归的吴明泰，随着北平升起的朝阳，吴明泰和他的学人们紧紧拥抱在一起，他们与民众坚定的站在一起，迎来了新中国的诞生。
